（一）江东事发
崇祯二年六月五日（西元1621年），上任未满一年的右副都御史，督师蓟﹑辽，兼督登﹑莱﹑天津军务的袁崇焕做出了一件震惊中外的大事。在巡视江东过程中，忽然于双岛斩杀和自己一样拥有“尚方宝剑”的太子太傅﹑左都督﹑东江镇总兵毛文龙，然后上奏请罪，朝野为之哗然。按理说袁崇焕是由兵部尚书出镇辽东，兵部尚书在明朝是正二品文官，而左都督隶属五军都督府，是正一品的武官。虽然在明王朝武官要受文官节制，文官在战时处决高级别高于自己武官也是常有之事，但即便有尚方宝剑可以先斩后奏，在非战时擅杀如此高级别的武官，无论理由如何充分都是说不过去。一个普通的死刑犯都要三台核审再秋后处决，何况是管理一方军事的朝廷要员。这件事对当时之人的震惊是可想而知的，朝野的哗然自然是情理之中的事。
但哗然归哗然，接到奏报的明朝中央政府在震惊之余却并没有就此事有过多的争议，反而是由当时的皇帝朱由检亲自下旨对袁崇焕倍加安抚，谴责毛文龙的种种恶行，同时下令各部门抓捕其在京师的同党。按《明季北略》记载是，“崇焕初斩文龙，上甚喜，嘉谕倍至。”以明朝官场清议杀人的惯例来说，犯下如此“滔天罪行”却没有被大臣和御使们在朝议上弹劾也就算了，还由皇帝亲自下诏安抚，这显然比擅杀方面要员更令人匪夷所思。明朝的制度是言官不以弹劾获罪的，虽然弹劾也未必能把正在风头上的袁崇焕怎么样，但至少御使们要表现了一种姿态证明自己的存在啊，否者朝廷花大价钱不成了白养你们。
如果这种情况发生在崇祯十五年以后，大家已摸透了今上的习性，为求自保而选择明哲保身还好理解。可这毕竟还是崇祯二年，刚刚清除了魏忠贤一党，正是东林和那些礼教之徒意气风发之时，要他们对此等“违逆之罪”保持沉默比打死他们还难。如此也似乎表明了一种时局，毛文龙在当时朝野的名气怕是让人不感恭维的，也就是说当时几乎没有人注意过他的存在。这固然是出于明朝人重文轻武风气，也有对所谓敌后战场重要性关注不够的因素，但更重要的原因估计还是在毛文龙自己身上，要么他确实没什么太大的功绩，要么就是他在东江的作为确实过于恶劣已引起公愤。明朝的官员虽然小人辈出，但让他门为一个挂名且名声不佳的左都督去阻碍平辽大业，相信还是没有人愿意出这个头去犯众怒的。但仅仅五月后，这件在当时来说看似无关紧要的事却被人重新提起，而提起这件事的人恰恰就是下旨对袁崇焕加以安抚的朱由检。
（二）惊天之变
崇祯二年春，袁崇焕以蓟门单弱，恐清兵欲西为由，派宁远驻军增援蓟门，但顺天巡抚王元雅认为这是危言耸听，半路截住宁远军队将其遣回。袁崇焕随后再次上疏，请求朝廷在遵化加强军备，同样没有得到重视。到了十月底，皇太极果然绕道蒙古从蓟门破关，直接指向遵化。袁崇焕仓促组织防御，派平辽总兵赵率教率部先行驰救遵化。但由于事发突然，遵化将领出于提防而拒绝援军入城，使援军在城外全军覆没。而遵化及沿途防备松弛，皇太极仅遇轻微抵抗就势如破竹的打倒京师外围，京师和各路援军顿时陷入一片慌乱。袁崇焕则匆忙在外围布置好兵力围堵后金退路，自率少量有野战能力的关宁精锐回援京师与敌血战城下，方使慌乱局面趋于缓和并逐步稳定，史称“己巳之变”。
到十二月初一日敌军稍退时，朱由检忽然以“议饷”为名召见督师袁崇焕、总兵满桂、黑云龙、祖大寿等人。正在城外追踪敌军的袁崇焕立刻“缒城而入”。但朱由检却并不提粮饷的事，而是连续问出了三个很白痴的问题，一是为什么杀毛文龙，二是敌军怎么到京师来的，三是满桂为什么受伤。然后像是怕有人开口一样，一问完就迫不及待将袁崇焕下狱，连辩答和朝议的正常规程序都省略了。另一种说法是朱由检很白痴的问，“以前杀毛文龙，今逗留何也。”袁崇焕惊异之下没有回答，就被下狱了。但无论那一种说法都是把杀毛文龙作为首要问题，并且都是不等答案就急切的将袁崇焕关起来与外界隔绝，如同杀毛文龙一事牵涉到了什么高端机密，不便让人详谈一样。
自此，原本默默无闻的毛文龙才被人关注起来，袁崇焕诛杀毛文龙的罪行也正式开始被追究，进入了大明舆论的讨论范围。之后种种针对袁崇焕的攻击之词如雨后春笋般涌现出来，从专断独行到资寇纵敌，从贪饷娇纵到侵占民田，从拥兵自重到排挤同僚，从任用亲信到恐有异心，力图于给袁崇焕塑造一个五毒具全，十恶不赦的光辉形象。最后实在没什么好说的了，连身材矮小，皮肤黑，长像不俊美等等都成了其心怀不轨，意图谋逆的依据，充分展现了明朝大臣的丰富现象力。只是以朱由检的习惯，发生了如此重大的事故肯定是不会主动承担责任的，而在此之前就已经因为怕被追究责任把罪名放到了兵部尚书身上，开了抓大臣保全自己面子的先河。现在既然有袁崇焕这个替罪羊冒头，大臣们自然不会放过瞥清自己的大好机会。再结合半年之前朝野的一致沉沉默来看，这些罪名就很值得商议了。当然，这些当然都是后话，和毛文龙之死已经没有太多关系。
（三）乱世枭雄
按照《明史》的说法，朝廷把杀毛文龙一事被归纳为“某款斩帅”。通俗的讲就是为了和后金签定和平条款而杀毛文龙，由此就引申出了两种说法。一种是毛文龙时常在敌后骚扰，让后金不敢放手进攻中原，为后金为畏惧。正好袁崇焕上门求和，皇太级便乘机提出要议和必须先杀毛文龙，而求和心切的袁崇焕果然上当，主动帮后金除去了后患。另一种是说袁崇焕想与后金议和，但怕引起主战人士毛文龙的不满，为预防他背后捣乱所以先杀了他。
这两种说法显然都太高看毛文龙在当时的价值了，但《明史》中却有“文龙既死，甫逾三月，我大清兵数十万分道入龙井关、大安口。”的描述。于是便有人把“己巳之变”的责任归在杀毛一事上。显得毛文龙武功非凡，似乎真成了辽东的中流砥柱，决定了辽东局势的成败一样。但这种跳跃性思维绝对只是揣测附会之辞，并没有多少依据和参考价值。如果他真有这么大作用，不至于死后这么长时间明朝都没有给他加个谥号，也不至于朱由检把一个在职的“中流砥柱”闲在